Author(s): CHEN Jin, CHENG Jun, JIANG Zhouzuo, ZHANG Linxi, ZHAO Delu
Pages: 688-692
Year: 2004 Issue:  5
Journal: ACTA POLYMERICA SINICA
Keyword:  (α/β)8桶状蛋白质; 中程和远程紧密接触对; 远程次序值; Fauchere-Pliska疏水性值;
Abstract: 在计算蛋白质分子中的氨基酸紧密接触对时采用以氨基酸的重心代替Cα原子的新方法,通过计算(α/β)8桶状蛋白质中的中程和远程紧密接触对的数目,研究了不同氨基酸在形成紧密接触对时所具有的不同能力以及在蛋白质结构稳定性中所起的不同作用.发现在(α/β)8桶状蛋白质中氨基酸形成的远程紧密接触对数目与它的Fauchere-Pliska疏水性实验数值(FPH)存在着非常好的线性关系,而对于氨基酸所形成的中程紧密接触对数目不存在这种关系.同时还研究了(α/β)8桶状蛋白质分子大小,发现其回转半径大小与表示远程接触对数目的远程次序值LRO存在着关系.表明这一类(α/β)8桶状蛋白质具有相似的结构,分子的远程接触对数目越多,分子越紧密,分子尺寸就越小.同时还研究了不同氨基酸之间形成紧密接触对的能力.