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Sequence determination of E and NS1 gene for 2 strains of dengue virus type 2 and its phylogenetic tree analysis
Author(s): 
Pages: 287-291
Year: Issue:  4
Journal: CHINESE JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY

Keyword:  登革病毒E基因NS1基因系统发生树;
Abstract: 目的对从登革出血热(dengue hemorrhagic fever, DHF)病人血清分离到的一株登革2型病毒(dengue virus type 2, DEN-2 B株)和DEN-2 NGC株作E、NS1蛋白部分基因序列测定并进行系统发生树分析,了解其变异及分子进化特征.方法利用RT-PCR法扩增B株和NGC株E、NS1部分基因片段,PCR产物直接测序;利用DNAssist软件预测其氨基酸序列,以及PHYLIP软件的CLUSTAL方法绘制系统发生树.结果 B株与NGC株E蛋白基因区第1~476nt(476bp)碱基序列存在8个位点的差异;编码氨基酸存在4个位置的不同;NS1基因区第589~1002nt (413bp) 碱基序列存在7个位点的差异,编码氨基酸有2个位置的改变;B株与NGC株和DEN-2 44株E区部分片段核苷酸同源性分别为99.1%和98.7%;与NS1区部分片段核苷酸同源性分别为98.3%和98.1%.B株E基因、NS1基因序列已登录GenBank,注册号分别为AY179733和AY238471.结论 B株E、NS1基因序列和氨基酸序列与NGC株存在差异;B株与我国海南1989年流行的DEN-2 44株和NGC株系统进化关系较近.
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