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Sequence analysis and prediction of related B cell epitopes of membrane protein(M) of human coronavirus NL63
Author(s): 
Pages: 775-778
Year: Issue:  9
Journal: CHINESE JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY

Keyword:  人冠状病毒HCoV-NL63膜蛋白;
Abstract: 目的 了解新发现的、与北京地区婴幼儿急性呼吸道感染相关的人冠状病毒HCoV-NL63的主要结构蛋白--膜蛋白(M)的基因特征.方法 分别从2份已确认为HCoV-NL63阳性的、取自急性呼吸道感染患儿的标本(BJ3140和BJ8081)中用RT-PCR方法扩增得到其M蛋白的全基因,在对其进行了序列分析的基础上对推导出的M蛋白的抗原表位进行了预测分析.结果 BJ3140和BJ8081的M蛋白编码基因全长681 bp,编码一个含226个氨基酸的蛋白.BJ3140和BJ8081之间M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.1%和99.6%;与HCoV-NL63原型株有很高的核苷酸(99.1%~99.7%)和氨基酸同源性(99.6%和98.7%),而与HCoV-229E的氨基酸同源性为61.3%,与HCoV-OC43和SARS-CoV氨基酸同源性则低于31.0%.BJ3140和BJ8081的M蛋白N端21个氨基酸位于病毒包膜外区,随后是3次跨膜区,最后是较长的包膜内区.不同方法的预测结果显示BJ3140的M蛋白的B细胞表位优势肽段多位于C-末端包膜内区域.结论 从北京地区婴幼儿HCoV-NL63感染阳性的呼吸道标本中扩增得到的M蛋白编码基因与HCoV-NL63原型株有很高的同源性,具有与其他冠状病毒M蛋白相似的结构特征.
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