Author(s): Zheng Hongxia 1 Dou Tonghai 2 Cai Yanyan 1 Zhan Xiaoying 1 Shen Fengtao 1 Wu Qihan 1 1 School of Life Science, East China Normal University, Shanghai, 200062, 2 Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, Shanghai, 200040
Pages: 1049-1055
Year: 2009 Issue:  6
Journal: Genomics and Applied Biology
Keyword:  miRNA;  转录调控;  保守序列;  生物信息学;
Abstract: MicroRNA(miRNA)的表达调控方式一直是一个有争议的问题,为了研究miRNA潜在的转录调控特点,本文通过Sanger网站miRNA数据库获得人类miRNA的信息,并建立miRNA相关信息数据库,用MEME和Wordspy两个软件对其上游2000bp序列进行保守性分析,得到保守性的DNA序列(motif),用TESS软件分析保守性DNA序列,预测其转录因子结合情况。通过比较位于基因间、反义链和内含子中的三类不同miRNA转录调控区的保守性和自主转录能力的差异,结果发现位于基因间、反义链上的miRNA上游调控区的保守性比位于内含子的miRNA高,在miRNA的转录调控区存在RNA聚合酶Ⅱ类型的转录因子结合位点,miRNA还表现出自身独特的转录调控方式。通过分析,我们还得到了miRNA表达调控中一些重要的转录因子以及独特的调控序列。本研究结果为miRNA转录调控机制的进一步研究提供了理论依据。