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Comparison and Analysis of Synonymous Codon Repeat Sequences in Different Genomes
Author(s): 
Pages: 26-33
Year: Issue:  1
Journal: ACTA SCIENTIARUM NATURALIUM UNIVERSITATIS NEIMONGOL

Keyword:  重复序列氨基酸同义密码子相对使用关联;
Abstract: 以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酵母、线虫和拟南芥基因组中所有ORF序列为样本,对编码序列中同义密码子重复序列和对应氨基酸重复序列的有关性质进行了分析.结果显示同义密码子重复序列中密码子的使用与全部编码序列的密码子使用有明显的差别,部分密码子的使用随着重复长度的增加,偏置增大.相同密码子2联体在同义密码子4和5联体中的位置明显偏好两端.同时给出了各密码子的联体能力,讨论了联体能力的大小与密码子碱基构成的关系.对于氨基酸重复序列,氨基酸重复片段数的对数随重复长度分布呈对数下降.重复序列中氨基酸的含量与全序列氨基酸的含量有显著差别,有些氨基酸随着重复长度的增加其含量偏置增大.亲水、小体积和非极性氨基酸容易形成长的联体,疏水、极性和大体积氨基酸形成的最大联体长度较短.最后,对6种模式生物进行了比较,讨论了上述结果与生物进化的关系.
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