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A DISCRIMINANT ANALYSIS METHOD FOR PROKARYOTIC PROMOTER REGIONS BASED ON FEATURE SELECTION
Author(s): 
Pages: 39-48
Year: Issue:  1
Journal: ACTA BIOPHYSICA SINICA

Keyword:  原核生物启动子识别复合模式特征筛选二次判别分析刀切法;
Abstract: 启动子识别是研究基因转录调控的重要环节,但目前方法的识别正确率偏低.在深入分析原核启动子特征的基础上,提出了一种基于特征筛选的原核启动子判别分析方法,首先在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取备选特征,为每个特征建立适当的描述模型,并对主要的保守模式采用复合模式模型;再通过模型计算对备选特征进行逐步筛选,优化特征集,将序列表示为组合特征向量;最终利用二次判别分析实现识别.对大肠杆菌和枯草杆菌实际启动子数据进行的刀切法测试验证了方法的有效性和通用性.对于大肠杆菌非编码区σ70启动子,识别的平均正确率达到了85.8%,优于其它几种典型识别方法;对于大肠杆菌编码区内部σ70启动子和其它几种原核启动子,平均正确率也都超过了80%.方法框架还具有良好的可扩展性,能够方便地容纳新特征,使识别性能不断提高.
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